Um das Jahr 1100 begann in klösterlichen Kreisen eine Rückbesinnung auf die Wurzeln des Mönchtums. Mit der Gründung von Citeaux 1098 durch Abt Robert von Molesme konnte dann das Reformprogramm umgesetzt werden. Aus dem Namen "Citeaux", lat. "Cistercium", entstand dann später der Name "Zisterzienser".
Mit Bernhard von Clairvaux (1091 - 1153) erlebte der Zisterzienserorden einen gewaltigen Aufschwung und es erfolgten zahlreiche Klostergründungen, von denen allein 68 Gründungen direkt auf ihn zurückgehen.
Vom Kloster Maulbronn aus, das 1138 gegründet wurde, besiedelten Mönche das Kloster Schöntal. Stifter war Wolfram von Bebenburg, der die Klosterniederlassung als Gelöbnis nach der glücklichen Heimkehr vom 2. Kreuzzug ( 1147-49) zu seinem eigenen Seelenheil und dem seiner Eltern mit Grund und Boden ausstattete. Es wird wohl nie ganz zu klären sein,
ob die erste Besiedlung mit dem Namen Nuveseze bzw Nusaze auf der Höhe bei Neusaß ( dem später von den Zisterzienser betreuten Wallfahrtsort) oder im Tal der Jagst, dem heutigen Standort, gelegen hatte, zumal die Zisterzienserklöster entsprechend dem Ideal der Einsamkeit vornehmlich in einsamen Tälern errichtet wurden.
Die erste urkundliche Erwähnung ist der in Würzburg ausgestellte Schutzbrief Kaiser Friedrich I. Barbarossa aus dem Jahr 1157. Darin bestätigt er die Klostergründung und stellt sie unter kaiserlichen Schutz. Im selben Jahr bestätigte auch der zuständige Bischof Gebhard von Würzburg die Klostergründung.
Im Jahr 1163, erfolgte eine weitere Bestätigung durch den Bischof von Würzburg, weil die Söhne Wolframs von Bebenburg offensichtlich die Schenkung angefochten hatten. In dieser Urkunde taucht erstmals der Name speciosa vallis (das schöne Tal = Schöntal) auf. Zwei Schutzbriefe von Papst Alexander III aus den Jahren 1176 und 1177 sicherten die Klostergründung von der höchsten Kircheninstanz ab.
Nachdem die Anfangsschwierigkeiten überwunden waren, scheint das Kloster sich im ersten Jahrhundert günstig entwickelt zu haben. Dann allerdings setzte mit dem Jahr 1282
ein ruinöser Zusammenbruch ein und der Abt des Mutterklosters Maulbronn, der die Paternitätsrechte besaß, musste den Abt von Kaisheim bitten, die Paternitätsrechte zu übernehmen, und die Schulden zu bezahlen.
Eine erste Blütezeit erlebte das Kloster im 15. Jahrhundert. 1418 wurde Schöntal auf dem Konzil von Konstanz die Reichsunmittelbarkeit verliehen. Schöntal nannte sich von da an reichsunmittelbare oder reichsfreie Abtei. Allerdings war damit keine Reichsstandschaft verbunden, d.h., Schöntal hatte nicht das Recht, stimmberechtigt an den Reichstagen teilzunehmen.
1439 erhielt Schöntal auf Betreiben Konrads von Weinsberg, des Reichserbkämmerers, außerdem das Recht zugesprochen, dass der Abt die Pontifikalien, also Stab, Mitra, Ring usw. tragen durfte.
Es folgten weitere Privilegien für die Äbte, so zum Beispiel die Rechte, sich auf dem Siegel sitzend darzustellen und mit rotem Wachs zu siegeln.
Verhängnisvoll für Schöntal wurde allerdings, dass Kaiser Maximilian das Kloster 1495 unter den Schutz des Erzbischofs von Mainz stellte. Schöntal musste sich in der Folgezeit gefallen lassen, dass der jeweilige Mainzer Amtmann vom nahegelegenen Krautheim zur Abtswahl nach Schöntal kam und die Oberaufsicht beanspruchte.
Reformation und Bauernkrieg setzten dem Kloster stark zu. Gleich mehrmals wurde es von durchziehenden Bauernhaufen ausgeraubt und teilweise zerstört. Im April 1525 lagen zeitweise bis zu 8000 Mann vor Schöntal, die alle vom Kloster verköstigt werden mussten.
Der dreißigjährige Krieg brachte erneut eine schwere Bedrängnis für das Kloster. Häufig lagerten große Heere vor dem Kloster, die alle verköstigt werden mußten. Immer wieder musste der Abt mit seinen Mönchen fliehen, teilweise bis ins Kloster Stams in Tirol. Schließlich wurde durch Kraft von Hohenlohe die Reformation eingeführt. Erst nachdem die Schweden die Schlacht bei Nördlingen (1634) verloren hatten, konnten die Mönche wieder heimkehren. Belagerungen, Flucht und Heimkehr des Konvents setzte sich allerdings bis zum Ende des Krieges fort.
Nachdem der Krieg zu Ende war, stand das Kloster materiell vor dem Ruin. Die Klostergebäude waren zu einem großen Teil beschädigt oder zerstört. Um so erstaunlicher war, wie rasch sich das Kloster unter Abt Christoph Haan (1636 - 1675) wieder erholte. 1671 war Schöntal schon wieder so weit gesundet, daß es für 31.000 Gulden das Rittergut Aschhausen kaufen und als Sommerresidenz der Äbte ausbauen konnte.
Die wohl bedeutenste Epoche erlebte Schöntal unter dem baufreudigen Dichterabt Benedikt Knittel.
Geboren 1650 in Lauda an der Tauber, prägte er in seiner 49 - jährigen Regierungszeit (1683 - 1732) ganz entscheidend das markante Aussehen Schöntals. Unter seiner Bauherrschaft entstand die barocke Klosterkirche, die Grabkapelle auf dem Kreuzberg, die neue Abtei und vieles andere. Vor allem auch die von ihm wieder entdeckten Knüttel - oder Knüppelverse - 4-hebige Reimverse, die schon in der frühneuhochdeutschen Dichtung bekannt waren - wurden von ihm mit großem Können, vielfach kombiniert als Chronogramm, für alle möglichen Gelegenheiten angewandt.
Sein Nachfolger, Abt Angelus Münch (1732 - 1761), vollendete die von seinem Vorgänger begonnenen Bauten, insbesondere die Neue Abtei. Vor allem die Ausführung des Treppenhauses sowie die Ausstattung der Repräsentationsräume fiel in seine Amtszeit.
Mit der Aufhebung des Klosters im Jahr 1802 fiel das Kloster - nach einer kurzfristigen Herrschaft durch den Grafen von Leiningen -Westerburg - an den Herzog Friedrich von Württemberg.
Am 15. Oktober 1802 wurde das Kloster durch eine Kompanie württembergischer schwarzer Jäger militärisch in Besitz genommen. Der letzte Abt, Maurus Schreiner, erhielt als Ruhesitz das Schloß Aschhausen. Die Klosterkirche wurde 1807 katholische Pfarrkirche. Im leerstehenden Konvents - und Abteigebäude wurde am 31. Oktober 1810 auf Beschluß des zum König erhobenen Friedrich von Württemberg ein evangelisch - theologisches Seminar eingerichtet. Die Schule blieb - mit einer kurzen Unterbrechung von 1941 bis 1945 - bis 1975 in Betrieb. 1979 wurde hier ein Bildungshaus der Diözese Rottenburg-Stuttgart eingerichtet.